經(jīng)過24小時(shí)培養(yǎng)期后，API 50CH測(cè)試證實(shí)了IL1403△claR完全無(wú)法發(fā)酵乳糖和纖維二糖。雖然IL1403△claR和IL1403△ccpA△claR突變體無(wú)法同化乳糖的情況持續(xù)了36小時(shí)，但在最初的24小時(shí)后，在IL1403△claR中觀察到了纖維二糖的有效利用（圖2d）。當(dāng)通過API 50CH評(píng)估時(shí)，在IL1403△ccpA△claR與其親本IL1403△ccpA之間在纖維二糖發(fā)酵方面未發(fā)現(xiàn)差異（圖2d）。
使用表型微陣列方法的全局代謝活性測(cè)量表明，缺失claR導(dǎo)致IL1403△claR中乳糖利用的完全廢除。相反，當(dāng)纖維二糖作為唯一碳源可用時(shí)，與野生型相比，這僅導(dǎo)致IL1403△claR代謝活性的輕微下降（數(shù)據(jù)未顯示）。
在API 50CH上可用的所有其他47種糖或Biolog PM1和PM2陣列上可用的188種碳源上，未發(fā)現(xiàn)測(cè)試菌株之間進(jìn)一步的顯著差異表型。
將pIL253claR轉(zhuǎn)入IL1403△claR，產(chǎn)生IL1403△claRpIL253claR菌株，完全互補(bǔ)了claR缺失的影響，恢復(fù)了突變體在含纖維二糖和/或乳糖的培養(yǎng)基中的生長(zhǎng)（數(shù)據(jù)未顯示）。
ClaR以低水平組成型表達(dá)且獨(dú)立于CcpA介導(dǎo)的調(diào)控 除了由CcpA結(jié)合cre序列介導(dǎo)的直接基因表達(dá)調(diào)控外，先前也觀察到間接控制。盡管claR上游DNA區(qū)域缺乏類似于cre框的序列，但其表達(dá)仍可能以間接方式受CcpA調(diào)控。為了測(cè)試這種現(xiàn)象是否也發(fā)生在claR的調(diào)控中，以及其表達(dá)是否受不同糖存在的影響，通過實(shí)時(shí)定量RT-PCR估計(jì)了在IL1403和IL1403△ccpA中響應(yīng)熊果苷、纖維二糖、半乳糖和葡萄糖的claR表達(dá)水平。在這兩種菌株中以及所有測(cè)試的糖存在下，claR基因均以低水平組成型表達(dá)，達(dá)到大約0.05的平均相對(duì)基因表達(dá)水平值（數(shù)據(jù)未顯示）。這表明claR的表達(dá)不受任何測(cè)試糖的誘導(dǎo)或抑制，并且不經(jīng)歷CcpA依賴性調(diào)控。
celB、bglS和ptcBA基因的表達(dá)在纖維二糖存在下受到ClaR的正向調(diào)控 先前，我們顯示編碼PTSCel-Lac組分（celB和ptcBA）和bglS的基因在乳酸乳球菌IL1403中受到CcpA的負(fù)調(diào)控。為了估計(jì)ClaR對(duì)不同碳源存在下bglS、celB和ptcBA表達(dá)的影響，從在C-CDM、G-CDM、Gal-CDM或GalC-CDM中生長(zhǎng)的IL1403和IL1403△claR的獨(dú)立細(xì)菌培養(yǎng)物中提取RNA。GalC-CDM中的半乳糖用于支持IL1403△claR的生長(zhǎng)，因?yàn)樵撏蛔凅w無(wú)法利用纖維二糖作為碳源。由于乳酸乳球菌IL1403與其他使用的糖（如纖維二糖、半乳糖或葡萄糖）相比生長(zhǎng)參數(shù)（生長(zhǎng)速率、延滯期和最終培養(yǎng)物光密度）較差，未將乳糖納入糖陣列中。
在Gal-CDM中，與G-CDM相比，野生型IL1403和IL1403△claR菌株中bglS、celB和ptcBA的表達(dá)水平僅略有變化，而ptcBA的轉(zhuǎn)錄在兩種菌株中在補(bǔ)充半乳糖的培養(yǎng)基中均增加（表2）。IL1403野生型和IL1403△claR菌株在半乳糖或葡萄糖存在下可比較的表達(dá)水平（ClaR激活比率~1；表2）意味著這些糖不會(huì)引起bglS、celB和ptcBA的ClaR依賴性激活。
當(dāng)菌株在GalC-CDM中生長(zhǎng)時(shí)，IL1403野生型和IL1403△claR之間bglS和celB表達(dá)水平的顯著差異是明顯的。在這種情況下，ClaR存在下（在IL1403中）celB和bglS的表達(dá)水平顯著高于ClaR缺失下（在IL1403△claR中）獲得的值，分別達(dá)到8和36的ClaR激活比率（計(jì)算為IL1403和IL1403△claR中相對(duì)基因表達(dá)的商）（表2）。對(duì)于ptcBA，ClaR激活比率接近3，表明ClaR依賴性調(diào)控較?。ū?）。
當(dāng)野生型菌株在補(bǔ)充纖維二糖（C-CDM）作為唯一碳源的培養(yǎng)基中生長(zhǎng)時(shí)，檢測(cè)到所有測(cè)試基因的轉(zhuǎn)錄水平顯著更高（表2）。添加半乳糖（GalC-CDM）導(dǎo)致與C-CDM相比，bglS、celB和ptcAB的轉(zhuǎn)錄下降2-4倍。這可能表明半乳糖的存在以類似于葡萄糖的方式導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄抑制。
此外，為了確定纖維二糖對(duì)基因表達(dá)的影響，計(jì)算了細(xì)胞二糖激活比率，作為在GalC-CDM和Gal-CDM中生長(zhǎng)的野生型菌株IL1403或IL1403△claR中相對(duì)基因表達(dá)的商。在IL1403中獲得的這些比率從25（bglS）和7（celB）到低至3-4倍（ptcBA）不等，意味著纖維二糖對(duì)相關(guān)基因的激活有不同的影響水平（表2）。這些纖維二糖激活比率與為GalC-CDM計(jì)算的ClaR激活值相似，表明這種纖維二糖依賴性調(diào)控可能是由于ClaR的作用。這通過觀察在ClaR缺失下獲得的纖維二糖激活比率通常圍繞因子1得到證實(shí)，表明即使在纖維二糖存在下，IL1403△claR中也缺乏基因表達(dá)調(diào)控（表2）。
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